Diangkat dari sebuah novel dengan judul yang sama, Body of Lies bercerita tentang Roger Farris (L.Dicaprio), seorang agen CIA yang ditugaskan untuk menangkap Al-Saleem di Yordania. Farris merupakan bawahan dari Ed Hoffman (Russel Crowe), seorang petinggi CIA yang benar-benar haus akan hasil operasi intelijen dan tidak punya rasa kepedulian terhadap kondisi lapangan. Al-Saleem sendiri adalah seorang Timur Tengah yang menjadi otak pengeboman berbagai tempat di Eropa.

Usaha Farris dalam mengejar Al-Saleem rupanya terhambat oleh operasi dan agenda lain dari bawahan-bawahannya sendiri, yang ternyata melakukan tindakan tersebut atas perintah Hoffman. Tampak jelas sekali terlihat bahwa Hoffman tidak punya rasa hormat terhadap agen-agen yang bekerja di lapangan. Dia enak-enak menerima informasi dan memberi instruksi sambil jalan-jalan santai bersama keluarga, lalu mengambil alih rantai komando tanpa sepengetahuan Farris sendiri.

Farris yang sudah terlanjur menjalin kerjasama dengan Kepala Intelijen Yordania, Hani Salaam, akhirnya harus menelan pil pahit. Tindakan bawahannya yang melancarkan operasi dan gagal, malah membuat seluruh operasi kerjasama yang tadinya direncanakan oleh Farris dan Hani jadi gagal. Faris pun tidak dipercaya lagi oleh Hani dalam operasi yang seharusnya melibatkan personel negeri tuan rumah tersebut, dan ia pun harus meninggalkan Yordania.

Namun bukan CIA namanya kalau usaha mereka terhenti. Meskipun cara kerja Farris dan Hoffman jauh berbeda, mereka tetap dalam satu organisasi dan punya tujuan yang sama. Mau tidak mau, Farris harus berkompromi dengan rekan kerjanya itu untuk kembali melancarkan operasi penangkapan Al-Saleem. Tak hanya itu saja, pihak-pihak lain yang juga berkepentingan dalam urusan 'terorisme' ini juga akhirnya bergerak dengan cara dan tujuannya masing-masing. Mampukah Farris menangkap Al-Saleem?